肛瘺手術(shù)需要注射麻醉后再進行手術(shù)，所以手術(shù)過程中沒有疼痛感。但是手術(shù)后，等麻醉效果消散時，痛覺會恢復(fù)，此時會感覺肛門周圍有疼痛。有疼痛感是因為肛周皮膚在齒狀線下方，屬于被神經(jīng)支配的區(qū)域，從而對疼痛的刺激也會相對敏感，多數(shù)患者都可以承受。如果肛瘺比較嚴重并且形成多發(fā)瘺管或者肛周的感染比較嚴重，術(shù)后疼痛則會有所增加，此時可以通過醫(yī)生的指導(dǎo)注射止疼劑等。