再生障礙性貧血的原因主要有免疫異常、血干細胞質(zhì)量異常和數(shù)量減少、造血微環(huán)境異常等方面。主要由于物理射線、化學毒物等原因造成骨髓造血功能衰退，從到導致再生障礙性貧血。

實驗研究證明造血干細胞缺乏或有缺陷是再生障礙性貧血的主要發(fā)病機理，至少的再障是由于造血干細胞缺乏引起的，通常將骨髓血干細胞比作“種子”，它可以增殖、分化、發(fā)育成為紅細胞、粒細胞和血小板，若造血干細胞缺乏，可使全血細胞減少。